Пилатес, как пишут авторитеты, это гимнастика, улучшающая координацию и подвижность и ориентированная, в основном, на основание нашего тела, а поэтому работающая с мышцами и суставами ног, мышечным каркасом,  прессом, осанкой. Эта гимнастика в принципе рассчитана на увеличение амплитуды движений, поэтому, конечно, требует и тренирует хорошую подвижность суставов. Повреждение мениска это травма, при которой возникает тугоподвижность сустава, к сожалению, восстановить нарушенное с помощью пилатеса нельзя, и чем больше Вы будете нагружать непомерными тренировками колено, тем более Вы будете ощущать неудобство от этого. Вам нужна щадящая нагрузка, и если у Вас возникают блоки, то Вам придется отказаться от физических упражнений с той целью, как достигнуть мастерства в спорте, как не прискорбно это замечать. Я не медик, а йог, я не отрицаю, что возможности человека велики и он может преодолеть себя и свою немощь, но надо реально смотреть на вещи: хрящ, мениск, восстанавливается годами при умеренном и мягком движении.