В период беременности важно быть осторожной и не делать упражнения с резкими наклонами и на животе, в общем, делать упражнения надо аккуратно и не слишком быстро, все время оценивая свое состояние и самочувствие. Я не верю, что женщина не сможет в этом сама разобраться! Если же Вы целый год до беременности занимались пилатес, то бросать занятия вредно, даже с точки зрения своего хорошего самочувствия  Вы выработали уже ритм и, естественно, без занятий у Вас болит тело, об этом врач должен был бы подумать! Разминайте мышцы хотя бы простой обычной несложной зарядкой, но я советую Вам не бросать гимнастику. Просто будьте аккуратны и не давите на плод, следите за тем, чтобы у Вас не возникало головокружений, сногсшибательные позы не делайте, выполняйте упражнения плавно, и будет все Ок!